Основное лечение язвенного стоматита заключается в местной обработке язв в полости рта. Делается это посредством анестетиков и антимикробных препаратов, а также с применением протеолитических ферментов. При необходимости потребуется применение антибиотиков, поливитаминов и антигистаминных средств.