В дезинфицирующих целях им обрабатывают слизистые, кожные покровы, инструменты и рабочие поверхности. В стоматологии хлоргексидин назначают при стоматитах, гингивитах, воспалениях в полости рта – чтобы подавить деятельность патогенной микрофлоры и предупредить дальнейшее развитие инфекции.