Нео с момента своего зачатия носил с собой исходный код Матрицы, известный как Prime Program. Это дает ему возможность свободно манипулировать смоделированной реальностью Матрицы , подобно полномочиям системного администратора над данной системой. Он проявляет эти способности как различные сверхчеловеческие силы.