Традиция гласит, что Святой Иоанн был первоначально похоронен в Эфесе. Позднее, в VI веке, над его могилой была построена большая базилика. Однако из-за ряда землетрясений и вторжения турок церковь была заброшена, а его мощи утеряны. Сегодня местонахождение его мощей неизвестно .