Ведь когда мы проводим усопшего человека в последний путь, то говорим именно фразу "Спи спокойно". Этим самым мы желаем ему покоя, отдыха от проблем и забот мирских, которые выпадали на его долю. Произнося такую фразу на похоронах, мы сразу в подсознании ассоциируем это слово с покойником ("спокойный", "спокойно").