Гепарин натрия противопоказан при геморрагическом диатезе, лейкозах, анемии, повышенной проницаемости сосудов, полипах, злокачественных новообразованиях и язвенных поражениях ЖКТ, тяжелых нарушениях функции печени и почек, операциях на мозге и позвоночнике.