Смит в конечном итоге ассимилирует Нео в свою копию, но жертва Нео приводит к гибели Смита и сотен его клонов. Поскольку Смит побежден, Стражи уходят из Сиона, и люди радуются, что война наконец-то закончилась. В Матрице Оракул, Серафим и Сати свободны и живы.